Предметом охраны объекта культурного наследия "Церковь Косьмы и Дамиана, что в Шубине" XVII-XVIII веков являются: местоположение и градостроительные характеристики здания церкви середины XVII-XVIII веков, 1820-1823 годов, 1884 года, 1857-1858 годов, участвующего в формировании застройки Столешникова переулка и Тверской площади, его роль в композиционно-планировочной структуре владения и квартала (согласно схеме предмета охраны); объемно-пространственная композиция здания церкви, включающая двусветный храм по типу "восьмерик на четверике", завершенный восьмигранным куполом, с пониженной полуциркульной апсидой, бесстолпную трапезную середины XVII-XVIII веков, симметричные приделы - северный 1820-1823 годов, 1884 года и южный 1857-1858 годов, двухэтажные притвор с папертью и нижний ярус с полуярусом-палаткой колокольни с северо-западной стороны 1857-1858 годов, включая высотные отметки по венчающим карнизам и аттикам (с учетом реставрации 1970-1980-х годов) (согласно схеме предмета охраны); конфигурация крыши и купольных завершений, материал, характер кровельного покрытия, включая высотные отметки по конькам, зенитам куполов, в том числе слуховые окна, труба отопления (с учетом реставрации 1970-1980-х годов); композиционное решение и архитектурно-художественное решение фасадов церкви середины XVII-XVIII веков, XIX века, включая местоположение, размер, форму, оформление оконных и дверных проемов, белокаменный цоколь, в том числе с профилем, наугольные лопатки, наличники оконных проемов с сандриками, наугольные пилястры на постаментах, арочные ниши и оконные проемы в прямоугольных нишах по граням восьмерика, парные пилястры с плоскими капителями, прямоугольные ниши и колончатые наличники оконных проемов и киотов с профилированными архивольтами, аттик с укороченными парными лопатками по флангам и арочным киотом в центре с килевидным архивольтом на висячих полуколонках, арочный проем входа в центре с профилированным с полуваликом обрамлением нижнего яруса колокольни, широкие филенчатые лопатки по ярусам, вертикальные ниши, профилированный карниз с гладким фризом и поясом сухариков, междуэтажные тяги, композиция из трех арочных окон-ниш над входом в профилированных наличниках в оформлении колокольни, венчающие профилированные карнизы, в том числе с широким поребриком и поясом сухариков (с учетом реставрации 1970-1980-х годов) (согласно схеме предмета охраны); материал и характер отделки фасадных поверхностей середины XVII- XVIII веков, 1820-1823 годов, 1857-1858 годов, в том числе белокаменный цоколь, белокаменные элементы архитектурного декора, известковая обмазка по кирпичу с побелкой, гладкая штукатурка с окраской; колористическое решение фасадов середины XVII-XVIII веков, 1820— 1823 годов, 1857-1858 годов (уточняется по результатам реставрационных исследований и раскрытий); пространственно-планировочная структура интерьеров здания церкви в пределах капитальных стен, пилонов, столбов, подпружных арок и перекрытий середины XVII-XVIII веков, XIX века (с учетом реставрации 1970-1980-х годов) (согласно схеме предмета охраны); капитальные стены, пилоны, столбы и перекрытия середины XVII- XVIII веков, XIX века, их конструкция и материал, включая сводчатые перекрытия, а также своды типа "Монье" в подвальном помещении (с учетом реставрации 1970-1980-х годов) (согласно схеме предмета охраны); лестницы XIX века, их местоположение, конструкция, материал, оформление; архитектурно-художественное оформление интерьеров, в том числе профилированные наличники проемов, карнизы и тяги по ребрам подпружных арок, в основании купола, покрытие пола плитами натурального камня с мозаичным бордюром - меандром (с учетом реставрации 1970-х годов) (согласно схеме предмета охраны); настенные росписи конца XIX века, включающие сюжетные композиции, изображения святых в медальонах, а также декоративные фризы с геометрическим орнаментом и церковной символикой, орнаментальные фризы, включая технику исполнения (масляная живопись) и колористическое решение (с учетом реставрации 1970-1980-х годов); столярные заполнения оконных и дверных проемов на XIX век, их материал, характер оформления, колористическое решение, в том числе ажурные металлические решетки окон (с учетом реставрации 1970- 1980-х годов). Изменение предмета охраны может быть осуществлено в порядке и случаях, предусмотренных законодательством об объектах культурного наследия.
